楚雄市卫生健康综合监督执法局成立于2003年8月，为楚雄市卫生防疫站改革后组建，原名楚雄市卫生监督所，自成立以来，单位历经食品卫生监督职能划转、职业卫生监管职能划入、参照管理单位规范化设置等机构改革工作后，于2022年5月更名为楚雄市卫生健康综合监督执法局，单位内设有办公室、医疗机构监督科、职业卫生监督科、公共卫生监督科和稽查科。