楚雄市疾控中心设有办公室、质管科、基本公共卫生服务项目管理办公室、财务科、检验中心、性病艾滋病防治科、免疫规划科、急性传染病防治科、血吸虫病防治科、结核病防治科、慢性非传染性疾病防治科、地方病防治科、卫生监测科共13个科室,承担全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导等工作等职能;占地9.26亩,建筑面积5203.37㎡,设备及其他资产877.15万元,拥有各类设备1387台件,其中专用设备221台件。总固定资产价值3438.14万元。现有正式职工68人,劳务购买派遣人员19人。